Kratom byl objeven v jihovýchodní Asii, především na území dnešního Thajska, Malajsie a Indonésie, kde roste přirozeně v tropických oblastech. Místní obyvatelé ho znali a využívali už po staletí, zejména zemědělci a dělníci, kteří žvýkali listy kratomu pro zvýšení energie, potlačení únavy a zmírnění bolesti při fyzicky náročné práci. Kratom byl objevován postupně, stal se součástí tradiční medicíny a každodenního života místních komunit.
Do Evropy se dostal v 19. století, kdy ho objevili evropští botanici, ti rostlinu vědecky zařadili a pojmenovali jako Mitragyna speciosa. Zpočátku byl kratom studován především z botanického a lékařského hlediska. V průběhu 20. století se začal kratom více sledovat i z hlediska jeho psychoaktivních účinků. V některých zemích jihovýchodní Asie bylo jeho užívání omezeno nebo zakázáno, zejména kvůli obavám ze zneužívání.